Der Australier, Jonathan Rubin begann seine musikalische Karriere als Gitarrist und wandte sich dann der Laute zu. Mit einem Stipendium des australischen Staates studierte er Alte Musik an der Schola Cantorum Basiliensis, wo er 1977 sein Diplom erwarb. Seither hat er sich auf das Basso continuo-Spiel mit Laute und Theorbe spezialisiert. Von 1980 bis 2017 unterrichtet Jonathan Rubin Laute am Conservatoire de Musique Supérieure de Genève, später an der Haute Ecole de Musique de Geneve, und zuletzt am Centre de Musique Ancienne de Genève und am Conservatoire Populaire de Musique. Zudem gab er Meisterklassen in Israel, Deutschland, Hongkong und Australien.
Zwischen 1976 und 1982 spielte er in über 500 Aufführungen des Monteverdi-Zyklus mit Nikolaus Harnoncourt. Diese legendäre Produktion von Jean-Pierre Ponnelle wurde in der Folge aufgezeichnet, verfilmt und bei vielen der bedeutendsten Festivals Europas aufgeführt. Des Weiteren spielte er u.a. in Konzerten und Aufnahmen mit Michel Corboz und dem Ensemble Vocal Lausanne, der Freitagsakademie, Christophe Rousset und Les Talens Lyriques, Marc Minkowski und Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire und La Grande Écurie du Roy, Jordi Savall und Hervé Niquet. 1986 begann er mit Les Arts Florissants unter William Christie zu arbeiten und spielte seitdem in allen seinen Aufnahmen von Barockopern mit.
Ausserdem hat er bei Tree Edition mehrere Publikationen mit Werken für Laute von Purcell, Weiss, Satie, Débussy und Anna Magdalena Bach herausgegeben. Sein innovatives Konzept für die Laute wurde in einer Reihe von Artikeln im Lute Society Newsletter dargelegt. Neben der Mitwirkung als Continuospieler in über 60 Aufnahmen bei Harmonia Mundi, Philips, Teldec, Erato u.a. hat er auch ein Soloalbum mit Musik für Laute und Viola da Gamba aufgenommen (Gallo CD-540).
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